Переносність Флуконазолу зазвичай дуже хороша. Найпоширеніше небажане явище – головний біль (13%). Часто зустрічаються побічні реакції з боку шлунково-кишкового тракту (нудота, біль у животі, проноси та метеоризм). Третім по частоті побічним ефектом відзначається висипання на шкірі (як прояв алергії на флуконазол).
Ще одним досить частим небажаним явищем виступає підвищення рівнів аланінамінотрансферази (АЛТ), аспартатамінотрансферази (АСТ) та лужної фосфатази.
Нечасто можуть виникати анемія, втрата апетиту, сонливість або безсоння, сухість у роті, судоми, запаморочення, зміна смаку, вертиго, диспепсія (яка зазвичай супроводжується запором), холестаз, жовтяниця, збільшення концентрації білірубіну в крові, "лікарський" висип, кропив'янка, підвищене потовиділення, міалгія, стомлюваність, погане самопочуття, астенія, пропасниця.